A los doce años entró como interno en el seminario de San José de la ciudad de Tortosa, donde recibió entre otras asignaturas una formación musical a cargo de Felipe Pedrell. Según Querol relata en la introducción de su obra Poesías:
«Entre las asignaturas correspondientes al tercer año de carrera eclesiástica, teníamos una asignatura titulada« Retórica y Poética »siendo su profesor un sacerdote llamado mosén Pedret. Allí aprendí que era un pareado, un terceto, una cuarteta, una octava real, un soneto, un madrigal [...]. Pero lo más importante del caso era que nos pidió que la siguiente clase le lleváramos toda esta lista de combinaciones métricas con poesías hechas por nosotros mismos. - Querol, Miquel: Poesías. Tarragona: Autoridad portuaria de Tarragona.1998 pág.17 »
Se formó a partir de 1926 en la escolanía de Montserrat, donde estudió con Ildefonso Pinell, y el 1936, en Barcelona con Joan Lamote de Grignon. Desde 1946 fue secretario del Instituto Español de Musicología, del cual fue director de 1969 a 1982, en 1952 fue miembro del Consejo Nacional de Música y profesor de historia de la música de la universidad de Barcelona hasta el 1970. Fue profesor de musicología y de historia de la música, en el Conservatorio del Liceo. Desde 1973 presidió la Sociedad Catalana de Musicología. Ha escrito un gran número de composiciones musicales en las que destacó su dominio de la escritura vocal, y ha preparado ediciones de repertorios de música de los siglos XVI y XVII, así como estudios del barroco musical catalán y español. Ha sido también colaborador del Diccionario de la Música Labor (1954).
Entre otras condecoraciones recibió el premio Nacional del Ministerio de Cultura (1986), la Cruz de Sant Jordi en 1997, la Medalla de Oro del Conservatorio del Liceo en 1999, y es doctor honoris causa por la Universidad Autónoma de Barcelona y por la Universidad de Granada, y también académico honorífico de la Real Academia Catalana de Bellas Artes de Sant Jordi.
Buena parte del fondo de Miquel Querol se conserva en la Biblioteca de Cataluña.