Quedó ciego de niño, probablemente a los ocho años. Tuvo siempre una gran vocación musical y por eso se trasladó a Palencia donde se encontró con García de Baeza, organista de la catedral, con quien continuó sus estudios. Llegó a ser músico de cámara de Carlos V y, años más tarde, a partir de 1543 lo fue de Felipe II. También fue organista de la capilla de Isabel de Portugal.
Realizó varios viajes por Europa, siempre con la Corte, lo que aprovechó para conocer los grandes músicos de las diferentes escuelas europeas. El compositor francés Josquin Desprez el influyó bastante en cuanto al estilo polifónico y Cabezón, a la vez, influyó en Desprez con su habilidad para las variaciones.
Murió el 26 de marzo de 1566 en Madrid. En su pueblo natal, Castrillo de Matajudíos, tiene dedicada una placa en la plaza Mayor y la casa donde nació se conserva y se puede visitar.
Obras de Antonio CABEZÓN

Los clásicos de la música (autores españoles)
AGUILERA DE HEREDIA, Sebastián; CABEZÓN, Antonio; CLAVIJO DEL CASTILLO, Bernardo; ELÍAS, José; MORENO, José; OXINAGAS, Joaquín; SOLER, Antonio
- Órgano o Armonio
- Reg.: B.2141